A segunda é a chamada Fiscalização e Controle e nela encontram-se os projetos e/ou ações destinadas à avaliação de conformidade e integridade, bem como as de avaliação de políticas públicas específicas. Aqui estão contempladas ações como auditorias de conformidade e operacional, inspeções, acompanhamentos, levantamentos e monitoramentos. Além disso, o processo de aperfeiçoamento e inovação dos processos de trabalho desta área também estão previstos.

Um exemplo da amplitude de atuação desta linha é a ação de identificação e valoração de serviços ecossistêmicos na Bacia Hidrográfica do Igarapé São Francisco que está sendo executada. Ela faz parte da elaboração do Plano de Ação para Combate aos Riscos na Bacia do Igarapé São Francisco, que é uma resposta aos efeitos dos eventos climáticos extremos cada vez mais frequentes.

Outro trabalho em andamento é o levantamento quanto a implementação das diretrizes para o saneamento básico e Política Nacional de Resíduos Sólidos nos municípios acreanos, que visa fornecer o panorama da realidade local relacionada a esse importante problema.